ในระหว่างเซสชัน rTMS ขดลวดแม่เหล็กไฟฟ้าจะวางแนบกับหนังศีรษะใกล้กับหน้าผาก แม่เหล็กไฟฟ้าจะส่งคลื่นแม่เหล็กที่กระตุ้นเซลล์ประสาทในบริเวณสมองที่เกี่ยวข้องกับการควบคุมอารมณ์และภาวะซึมเศร้าโดยไม่เจ็บปวด เชื่อกันว่าจะไปกระตุ้นส่วนต่าง ๆ ของสมองที่ลดกิจกรรมในภาวะซึมเศร้า แม้ว่าชีววิทยาว่าทำไม rTMS จึงยังไม่เป็นที่เข้าใจอย่างสมบูรณ์ แต่การ กระตุ้นสมอง ดูเหมือนจะส่งผลต่อวิธีการทำงานของสมอง ซึ่งดูเหมือนจะช่วยบรรเทาอาการซึมเศร้าและทำให้อารมณ์ดีขึ้น มีหลายวิธีในการดำเนินการตามขั้นตอน และเทคนิคอาจเปลี่ยนแปลงได้เนื่องจากผู้เชี่ยวชาญได้เรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับวิธีที่มีประสิทธิภาพสูงสุดในการทำการรักษา